Köse Musa Paşa, III. Selim’e ve onun yürütmekte olduğu Nizam-ı Cedid yeniliklerine muhalif olan kesimdendi. Ancak “Haşhaşî taktiği” ile kendisini mükemmel gizliyor ve padişaha dost gibi görünüyordu. Onun en büyük destekçisi ise devrin Şeyhülislamı Ataullah Efendi idi.
1807 yılında III. Selim bir hata yaptı. Nizâm-ı Cedid’e sözde dost, ancak özde düşman olanlardan Ataullah Efendi’yi devletin ikinci önemli makamı olan şeyhülislâmlık makamına getirdi.
III. Selim kendisine sözde dost, özde düşman birisini Şeyhülislâm yapmakla hatalar zincirinin devreye girmesine izin vermiş oluyordu. Çünkü bütün atamalarda ve önemli kararlarda Şeyhülislâmın görüşünü almak usuldü.
Sadrazam vekilliği demek olan sadaret kaymakamlığı gibi çok önemli bir makama Köse Musa Paşa teklif edildiği zaman III. Selim bu tekliften hiç hoşnut olmamıştı: “Bu bozguncu bir adamdır. İstanbul’da fesat çıkarır. Bunun vebalini boynunuza alır mısınız?” diye sorduğunda padişahın bu sorusuna olumlu cevap verdiler. Böylece III. Selim Köse Musa Paşa’yı sadaret kaymakamlığına atadı ve hayatının en büyük hatasını yapmış oldu. Öyle bir hata ki bizzat hem kendinin hem de kendisine bağlı devlet adamlarının hayatına mal olacak kadar büyük bir hata.
Devlet adamları ve askerler, Nizam-ı Cedide taraftar olanlar ve karşı olanlar şeklinde ikiye bölünmüştü. Cahil halk Nizam-ı Cedide karşı yürütülen kampanyalara kolayca inanıyordu. Kampanyayı yürütenlerin başında ise Fransa Büyükelçisi Sebastiyani ve onun yönlendirdiği Yeniçeri ve Sipahi tayifesi geliyordu. Nizam-ı Cedid için yeni vergiler konulması, masrafları için ayrı bir hazine oluşturulması, Nizam-ı Cedid askerlerine pantolon ve ceket giydirilmesi, yabancı subaylar tarafından eğitilmesi gibi konular hoşnutsuzluğun su üzerinde görünen kısımları idi.
Nizam-ı Cedid askerinin Akka önlerinde Napolyon Bonaparte askerlerini bozguna uğratması ise muhalifler üzerinde korku ve kıskançlığa sebep olmuştu. Sanki 1620’lerde Genç Osman’ın acı senaryosu yaklaşık 200 yıl sonra yeniden sahneye konulmaktaydı. Nizam-ı Cedid’i destekleyenlerin “milli ve yerli” olmasına karşılık, Nizâm-ı Cedidi yok etmek isteyenler yabancılar ve yerli işbirlikçilerinden oluşmaktaydı.
Nizam-ı Cedid- Yeniçeri çekişmesi bir anlamda yenilikçiler ile gelenekçilerin çatışması idi. Padişah, Rusya ve Avrupa devletleri karşısındaki yenilgiler sonucunda modern bir ordu gerektiğine inanmıştı. Genç Osman’ın başına gelenleri çok iyi biliyordu. Ancak Rusya ile savaşa tutuşmak gerekince Sadrazam ile birlikte sefere çıkan Yeniçerileri küstürmemek için bazı tavizler vermek gereği duymuş olmalıdır. Çünkü İstanbul kahvehanelerinde gür sesli, bol gürültülü birtakım kişiler: “Padişahın Yeniçerileri Tuna nehrinin öbür tarafına geçirip Ruslara kırdırmayı planladığını” söyleyecek kadar pervasızdılar. İstanbul’da her türlü yalan ve iftira sanki sıradan bir hale gelmişti. Yeniçeri Ocağı seferde idi ancak sefere gitmeyenleri halk arasında bozgunculuk yapmayı beceriyorlardı.
İstanbul Boğazı’nın Ruslara karşı savunulması için Trabzon tarafından 2.000 kadar asker getirilip “yamak” adı altında Boğaz savunması ile görevli birliklerin emrine verilmişlerdi ( Mithat Sertoğlu, Mufassal Osmanlı Tarihi, V, Ankara 2011, s. 2811). Devlet bu yeni askerleri Nizam-ı Cedide kazandırmak isterken Köse Musa Paşa ise el altından veya açıktan gâvur kıyafeti giymemeleri konusunda onları kışkırtıyordu. Sonunda bu kışkırtmalar işe yaradı ve yamaklar Nizam-ı Cedid kıyafeti giymeyeceklerini, “kul oğlu kul” olarak kalacaklarını açıkça ilan ettiler.
Osmanlı vak’anüvisleri arasında Köse Musa Paşa’yı en yakından izleyen ve belki de en iyi değerlendiren Ahmet Cevdet Paşa olmuştur. Tarih-i Cevdet isimli 12 ciltlik dev eserinde Ahmet Cevdet Paşa, Köse Musa Paşa’nın sinsi ihtilal planlarını ve Şeyhülislâm Ataullah Efendi ile olan ilişkisini çok ayrıntılı olarak ortaya koymuştur (c.VIII). Musa Paşa, Trablusşam valiliği ile görevlendirildiğinde Cezzar Ahmet Paşa onun için şöyle demişti:” Adı Musa, boyu kısa, sakalı köse, böyle adamdan hayır gelmez”. Rus savaşı çıkınca Musa Paşa’nın eline istediği fırsat geçmiş oldu. Kabakçı Mustafa isyanı başladığı zaman Musa Paşa bir taraftan isyancıları tahrik ediyor, diğer taraftan da olayı basit bir asayiş sorunu olarak gösteriyordu. Son derece münafık bir tavırla padişahtan özür diliyor, olayın kendi gevşekliğinden doğduğunu bildiriyor ve hemen düzeltme sözü veriyordu.
Kabakçı Mustafa, isyanın baş aktörü gibi görünse de aslında baş figürandan başka bir şey değildi. İsyanı el altından Şeyhülislâm Ataullah Efendi ve Kaymakam Musa Paşa yönetiyordu. Levent Çiftliği’nde bulunan sayıları 10.000- 13.000 kadar gösterilen Nizam-ı Cedid askerinin müdahaleden engellenmesi ve geriye çekilmesi, aslında isyancıların önünü açmak içindi. Müdahalede bulunmak isteyen topçu ocağına “bu iş sizin bildiğiniz gibi değil” diyerek onları da pasifize eden yine Köse Musa Paşa oldu.
O dönemin ayrıntılı bir tarihini yazan Georg Oğulukyan, Köse Musa Paşa’nın bu isyandaki rolünü çok açık olarak ortaya koymaktaydı: “ .. asıl düşman bizzat Kaymakam Paşa idi. Zahiren, âsîlerin kendisini öldürmek istediklerini ileri sürüyorsa da, aslında kendisi onların gizli başı idi”( Georg Oğulukyan Rûznâmesi, İstanbul 1972, s.10).
Musa Paşa, arz odasında toplanan rical içerisinden istediklerini dışarı çağırıp hemen orada boğdurup 7-8 dakika sonra yerine oturuyor: “Başlarınız sağ olsun, vezir kethüdası gitti. Sizlere ömür” diye haber veriyordu. Biraz sonra aynı şey tekrarlanıyor: “Başınız sağ olsun Reis Efendi de gitti” diye haber veriyor. Arz odasındakiler dehşet içerisinde kendilerine ne zaman sıra geleceğini bekliyorlardı (Câbî Târihi, I, s. 132). Musa Paşa, bu idamların sebebini: “sizler bilmezsiniz, çok iş bunun yazmasıyla olur idi” diye açıklıyordu.
Musa Paşa’nın padişah adayı Şehzade Mustafa, isyan sırasında isyancılarla dirsek temasındaydı. III. Selim’in kendisine öz oğlu imiş gibi davranması onun için yeterli olmamış padişahlığa ulaşmak için ihtilalcilerle iş birliği yapmaktan çekinmemişti.
III. Selim’i destekleyen devlet adamlarının padişahı lisan-ı münasiple uyarmalarının pek bir faydası olmadı. Şair ruhlu padişah alması gereken tedbirleri almıyor, sadece “kan dökülmesin” istiyordu. Sonunda çok kan döküldü. Devletin yenilenmesi için samimiyetle çalışan devlete bağlı insanlar, bizzat devlet tarafından asilere teslim edilerek parça parça ettirildi. “Padişahım hem kendi hayatınızı, hem de bizim hayatımızı tehlikeye atıyorsunuz. İzin verin. Bunlar bir avuç başıbozuk. Bunları tepeleyelim” diye yalvaran devlet adamlarına izin vermedi. Taviz vererek kurtulabileceğini sanıyordu. Genç Osman gibi olmak istemiyordu. Tahttan çekilmeyi bile kabul etti. Ama ne kendi hayatını kurtarabildi, ne de kendisini samimiyetle destekleyen devlet adamlarının hayatlarını. Kibardı, çalışkandı, aydınlanmacı bir kişilikti, şairdi. Ama iyi bir padişah değildi. Alması gereken kararları zamanında alıp eserini ve devleti koruyamadı.